抗体药物及重组蛋白等已经被广泛应用于治疗方面，因此蛋白质差异性的品质管理工作极其重要，因为这些物质的聚合物、变性物质等都有可能导致过敏性休克或免疫反应。高效液相色谱法（HPLC）可以对抗体药物以及重组蛋白等蛋白药物的不均一性进行有效的分析，尤其当多种色谱分析方法有效组合时，可以更好对蛋白药物进行定量和定性分析，除此还可使用分析检测方法有等电聚焦电泳、氨基酸序列分析、MALDI-TPF MS、CD Spectrum 分析及 NMR 分析。
蛋白药物的不均一性（差异性）
翻译后的修饰（酶的作用等）:
磷酸化（脱磷酸化）、糖基化、脂质化、甲基化、乙酰化、多肽部分的酶切等。
降解（酶的作用及非酶的作用） :
蛋白酶的酶解、脱酰胺、氧化等。
其他:
化学修饰（PEG 化等）、变性、聚合等
抗体异构体出现的原因:
氨基酸序列的不同（重组、转录异常）
氧化（Met，Trp）,C 末端 Lys 的分解，N 末端焦谷氨酸（Glu）,脱酰胺
化（Asn）。
二硫键结合的有无及 S-S 结合力的不同。
复合糖链的不同。
抗体异构体对药物性能的影响:
免疫抑制效果
Fc 效应功能
发烧等副作用
溶解性及保存稳定性（分解性）
色谱分析分离模式
1、尺寸排阻色谱法（SEC）
依据组分分子空间尺寸大小进行分离，主要用于多聚体、降解片段，PEG
化修饰蛋白等样品的分析。
